Sono gli strumenti in cui si articola l'attuazione del "Quadro comunitario di sostegno per le regioni italiane dell'obiettivo 1 2000- 2006". I Programmi Operativi Obiettivo 1 attualmente vigenti sono 14 di cui 7 regionali (Por) e 7 nazionali (Pon) gestiti dalle Amministrazioni centrali. I 7 programmi regionali riguardano le 6 regioni dell'Obiettivo 1 (Basilicata, Calabria, Campania, Puglia, Sardegna e Sicilia) cui si aggiunge il Molise l'unica regione italiana in sostegno transitorio. I 7 programmi nazionali affidati ad amministrazioni centrali e che affrontano temi settoriali sono:

• "Ricerca scientifica sviluppo tecnologico alta formazione";
• "La scuola per lo sviluppo";
• "Sicurezza per lo sviluppo del Mezzogiorno";
• "Sviluppo locale";
• "Trasporti";
• "Pesca"
• "Assistenza tecnica".

Nell'ambito dell'Obiettivo 3 sono stati avviati 14 Programmi Operativi Regionali (Por) a beneficio delle regioni del Centro-Nord e delle Province Autonome di Trento e Bolzano e un unico Programma Operativo Nazionale (Pon Azioni di sistema).