Gli Ogm sono organismi il cui materiale genetico (Dna) non è stato modificato dalla moltiplicazione e/o ricombinazione naturale bensì attraverso l'introduzione di un gene modificato o di un gene di un'altra varietà o specie. La legislazione comunitaria tratta gli Ogm dal 1998. L'azione dell'Unione mira a proteggere la salute umana e l'ambiente pur rispettando le regole del mercato unico. L'Unione ha legiferato in materia di uso, diffusione, immissione sul mercato e tracciabilità  degli Ogm sia per gli alimenti destinati al consumo umano che al consumo animale. Ha inoltre adottato misure per attuare le disposizioni relative ai movimenti transfrontalieri degli Ogm (Protocollo di Cartagena sulla biosicurezza). Nel maggio 2004 la Commissione ha nuovamente autorizzato l'immissione in commercio degli Ogm dopo una moratoria di cinque anni. Prima di essere immessi in commercio gli Ogm devono essere sottoposti a una valutazione molto rigorosa. D'altra parte questi prodotti devono recare etichette chiare conformi alle ultime disposizioni in materia di etichettatura e di tracciabilità del prodotto. La Commissione ha accettato per la prima volta la commercializzazione e la coltura di sementi Ogm con l'iscrizione nel settembre 2004 di 17 varietà di granturco nel catalogo comune delle varietà delle specie di piante agricole dell'UE. Il Centro comune di ricerca (Ccr) della Commissione funge da laboratorio di riferimento per la valutazione degli Ogm. I nuovi paesi membri dispongono di laboratori di controllo nazionali che fanno parte della rete europea di laboratori di riferimento per gli Ogm che assiste il Ccr nel rilevamento identificazione e quantificazione degli Ogm contenuti nei prodotti alimentari.