Sono aree dove l’agricoltura è pregiudicata da un vincolo naturale o altri vincoli specifici. Le aree devono essere delimitate dagli Stati membri sulla base di otto criteri biofisici (ad es. pendenza), con una certa flessibilità concessa agli Stati membri di utilizzare altri criteri fino al 10% della loro superficie agricola. Prima del 2013, tali aree erano conosciute come zone svantaggiate (ZS). In queste aree, gli agricoltori affrontano maggiori costi di produzione e possono beneficiare di pagamenti compensativi calcolati in base ai costi aggiuntivi sostenuti e al mancato guadagno. Le aree naturali sono distinte in tre categorie:

1. montane, che hanno come vincolo l’altitudine, le condizioni climatiche difficili e una breve stagione di crescita;
2. aree diverse dalle zone montane, che affrontano importanti vincoli naturali;
3. altre zone che affrontano specifici vincoli e dove la terra deve essere gestita per conservare o migliorare l’ambiente, per mantenere l’attività agricola, per preservare il potenziale per turismo o per proteggere le zone costiere.