Nel luglio 1997 la Commissione ha proposto una riforma della Pac nel quadro di Agenda 2000 che costituiva un modello per il futuro della politica comunitaria nell'ottica del previsto allargamento. Le trattative nel quadro di Agenda 2000 si sono concluse nel Consiglio europeo del marzo 1999 a Berlino e in quell'occasione si è decisa anche la riforma della Pac. Agenda 2000 porta avanti il processo di riforma iniziato nel 1992 approfondendo l'approccio al disaccoppiamento degli aiuti diretti. La riforma comprende in particolare misure intese a:

• rafforzare la competitività delle materie prime agricole sui mercati interni e mondiali;
• promuovere un tenore di vita adeguato della comunità agricola;
• creare posti di lavoro sostitutivi e di altre fonti di reddito per i lavoratori agricoli;
• elaborare una nuova politica dello sviluppo rurale come secondo pilastro della Pac;
• integrare maggiormente nella Pac questioni ambientali e strutturali;
• migliorare la qualità dei prodotti alimentari e della loro sicurezza;
• semplificare la legislazione in materia agraria e decentralizzarne l'applicazione in vista di una maggiore chiarezza trasparenza e accessibilità di norme e regolamenti.