Il Qcs 2000-2006 definisce i progetti integrati come quell'insieme di azioni che attraversano diversi settori ma puntano a un obiettivo comune di sviluppo del territorio e necessitano di un approccio attuativo unitario e coerente. Questi i concetti centrali della definizione:

• l'integrazione progettuale caratteristica di tutta l'attività cofinanziata dai fondi strutturali;
• il riferimento territoriale come destinatario delle azioni e contesto in cui stimolare le potenzialità latenti.

I progetti integrati devono inserirsi all'interno della strategia regionale delle linee di intervento settoriali e di filiera e dei metodi operativi di concertazione e collaborazione pubblico-privato previsti dai programmi operativi. Hanno una duplice finalità:

• assicurare un adeguato riconoscimento agli interventi che si basano su un'idea guida esplicitata e condivisa;
• elaborare un sistema di attuazione unitario organico e integrato in grado di semplificare la gestione e consentire il raggiungimento degli obiettivi nei tempi previsti.

I progetti integrati sono caratterizzati dai seguenti elementi:

• definizione dell'idea-forza della strategia di progetto e degli obiettivi;
• identificazione dell'ambito territoriale o tematico di riferimento;
• individuazione del soggetto responsabile del progetto;
• identificazione delle procedure di gestione e monitoraggio.

Esistono diverse tipologie di progetti integrati. Ogni Autorità  di gestione regionale ha seguito un proprio iter nella definizione e individuazione degli stessi. I più diffusi sono:

• Pit (Progetti Integrati Territoriali);
• Pis (Progetti Integrati Settoriali);
• Pif (Progetti Integrati di Filiera);
• Pir (Progetti Integrati Regionali);
• Pisu (Progetti Integrati di Sviluppo Urbano).